根據目的和功能可分類，其中最重要的兩類是選擇培養基和鑒別培養基。選擇培養基是指在營養介質中加入了一些特殊物質，讓我們需要的微生物才能夠生長。比如在培養基中加入了慶大霉素，那么只有能夠抵抗慶大霉素的微生物才能夠生長，而這種抵抗多數情況下是我們在這些微生物的基因中插入了抗性基因后才具有的功能。

　　鑒別培養基用于鑒別不同類型微生物的培養基。在培養基中加入某種特殊的化學物質后，導致不同微生物在培養基上生長后，產生明顯的特征性變化，根據這種特征性變化，可將該種微生物與其他微生物區分開來。比如使用酸堿指示劑可以區別產酸菌和產堿菌。

　　一、發酵培養皿的營養成分

　　微生物的食物在發酵上的俗語叫培養基。培養基是指供給微生物生長繁殖的，由不同營養物質組合，由人類配制而成的營養基質。碳水化合物、含氮物質、無機鹽（包括微量元素）、維生素和水等幾大類物質是培養基應該包含的成分。

　　1.碳源營養物質

　　碳源主要指碳水化合物，它是碳、氫和氧三種元素組成的化合物，包括葡萄糖，淀粉等，前者是單糖，后者是多糖。它們在生命體內分解，然后形成能量和重要的基本單元，這些能源和基本單元成為微生物體內合成蛋白質，核酸等功能性大分子的基礎。

　　2.氮源營養物質

　　氮源是指含有氮元素的營養物質，分兩類，一類是無機氮源，如氨水，硫酸銨，尿素等；另一類是有機氮源，如氨基酸，蛋白質等。它們在微生物體內被分解和利用，是合成蛋白質的重要原料。

　　3.其他營養物質

　　無機鹽也起到重要作用，一方面它們是微生物體內催化劑的激活劑，另一方面可以調節細胞的滲透壓。

　　二、培養基的分類

　　1.根據原料分類

　　根據配制原料的來源可分為天然培養基、合成培養基、半合成培養基。

　　天然培養基，顧名思義，原料取自天然，或者將天然產物簡單處理后獲得的營養物質組合，比如玉米，玉米粉，玉米漿，比如牛肉，牛肉膏，酵母粉，魚粉，淀粉等；

　　合成培養基是指化學成分清楚，在制作時使用純凈物或近似純凈物，如葡萄糖、氯化鈉，氨基酸，維生素等，配制用的水一般也選擇純水；

　　半合成培養基又稱半組合培養基，指用天然原料加入一定的化學試劑配制而成的培養基。其中天然成分提供碳、氮源和生長素。化學試劑補充各種無機鹽。

　　2.根據形態分類

　　可分為固體培養基、液體培養基、半固體培養基；固體培養基可讓微生物生長在表面，液體培養基可讓微生物沉浸在其中，而且可以自由游動。半固體培養介于兩者之間，既以讓微生物沉浸在其中，但是不可自由流動。固體培養基一般是在液體培養中加入一些在常溫可凝固的物質，如瓊脂等。

　　3.根據功能分類

　　微生物有生命，沒人知道他們是否喜歡吃菜還是喜歡吃米飯、饅頭？但是全面豐富的營養肯定是需要的，而且與人類相比，微生物的食譜更加廣泛，我們的食物不僅他們照單全收，我們不能享用的，也會成為他們的美肴。